XVI a. pr. Šventežerio apylinkėse ošė giria, priklausiusi Lietuvos didikams Radviloms. 1511 m. Šventežerio apylinkes karalius Zigmantas Senasis padovanojo Jurgiui Radvilai, kuris šalia Seirijų dvaro įkūrė pagalbinį ūkį palivarką, vėliau gavusį Šventežerio vardą. 1548 m. Trakų kaštelionas Jurgis Radvila pastatė Šventežeryje kalvinų bažnyčią. Jis skyrė išlaikymą Kantoriui ir įpareigojo steigti pradžios mokyklą ir reikalavo, kad jo pavaldiniai ten mokytų savo vaikus. Kai šią vietovę valdė Boguslavas Radvila, savo vietininku pasikvietė iš Čiobiškio Šventežerskį. Šis panoro čia įsteigti bajorišką miestą netoli dvaro. 1650 m. vienoje ežero pusėje buvo pastatyti rūmai ir įkurtas dvaras, kitoje – sudaryti sklypai. 1776 m. luomų seimas atėmė iš Šventežerio bajoriško miesto teises. Miestas ėmė nykti. Apie 1880 m. prie bažnyčios buvo atidaryta parapijinė-pradinė mokykla, įkurta mediniame, šiaudais dengtame name, su mažučiais langeliais, su ilgais suolais palangėse ir ilgu stalu, prie kurio sėdėjo ir rašto mokėsi kaimo ir miestelio vaikai. Iki I pasaulinio karo Šventežerio žemės priklausė stambiam dvarininkui Meškauskui, kuris turėjo 15 dvarų. Dvarininkas Šventežerį, Burakavą ir kiti kaimus pardavė žydui Mendeliui Burakai. Po I pasaulinio karo žydas pardavė žemes iš Amerikos grįžusiam Antanui Daugėlai. Jis rūpinosi, kad visi vaikai lankytų pradžios mokyklą. 1923 m. veikė pradinė mokykla, nes Lietuvos vyriausybė įvedė privalomą pradinį mokslą. Pirmojo Lietuvos gyventojų surašymo 1923 m. duomenimis, Šventežerio valsčiuje buvo 700 vaikų nuo 7 iki 13 metų amžiaus, iš jų tik 207 vaikai mokėjo skaityti ir rašyti. 1930 m. sudegė mokyklos pastatas ir mokiniai mokėsi keliose ūkininkų pirkiose: pas P. Janulevičių, Dzingelį ir dvi klasės pas V. Aleksandravičių. Vėliau pradinė mokykla buvo 6 skyrių ir mokėsi vaikai dabartinėse Šventežerio seniūnijos patalpose. 1936 m. valsčiaus viršaičio Margelio rūpesčiu buvo gautas leidimas pradėti statyti Šventežerio pradinę mokyklą. Buvo išmūrintos dabartinės mokyklos sienos, uždengtas stogas, tačiau mokiniai negalėjo mokytis dėl nebaigto vidaus remonto. Valsčiaus pastate buvo įrengtas kabinetas pradinukams, kitos klasės mokėsi pas ūkininkus. Po II pasaulinio karo vėl buvo susirūpinta mokyklos pastato įrengimu, nes jaunimo privalėjusio mokytis buvo nemažai. Dvi klasės įrengtos valsčiaus patalpose, tačiau klasėms patalpų trūko, mokykla dirbo privačių namų nuomojamose patalpose. 1948 m. mokykloje buvo 6 klasės ir mokėsi 73 mokiniai. 1950 m. buvo įrengtas mokyklos I aukštas. 1951 m. direktoriumi paskirtas Vincas Balkūnas. Mokykloje mokėsi 7 klasės. Iš dirbusių mokytojų pasilieka tik Zuzana Malinauskienė ir Vladas Daugėla. 1952 m. mokyklai vadovavo Vytautas Černiauskas. Jo iniciatyva buvo įrengtas II mokyklos aukštas, bei III aukšte - butas jo šeimai. Valsčiaus pastatas pertvarkytas į 21 vietos mokyklos bendrabutį. 1954 m. mokykla išleido I abiturientų laidą, tuo metu mokėsi 248 mokiniai. 1956 m. mokyklai vadovavo Ona Sukackienė. Mokytojai dirbo sunkiomis sąlygomis: dvejomis pamainomis prie žibalinių lempų, kabinetai buvo dideli, jie buvo šildomi krosnimi. 1965 m. direktoriumi paskirtas Kostas Čekauskas. Vadovas buvo aktyvus sporto entuziastas, kurio dėka pakilo mokyklos sportinis lygis. 1972 m. vadovavo Zenonas Zepčikas – tai jaunas ir gabus vadovas. Direktorius rūpinasi kabinetų įrengimu. Mokykloje mokėsi 417 mokinių, dirbo 28 mokytojai, veikė 2 pailgintos dienos grupės ir 50 vietų mokyklos bendrabutis. 1978  m. mokyklai vadovavo Vladas Mikelionis. Visuose kabinetuose pakeisti baldai, įsigyta 5 televizoriai, 2 kino aparatai. Valsčiaus pastate įrengti nauji lietuvių kalbos, geografijos, matematikos ir biologijos kabinetai. 1987 m. mokyklai vadovavo vokiečių kalbos mokytoja Danutė Jurčienė. Suklestėjo mokytojų saviveikla, organizuojamos ekskursijos po rajoną, respubliką. Mokykloje vyko tradiciniai renginiai. 1991 m. mokyklai vadovavo rusų kalbos mokytoja Zita Zepčikienė. Ugdymas vyko dviejuose pastatuose: centriniame ir buvusiame vaikų darželio pastate. Darbą mokykloje palieka J. Kontrauskienė, J. Strankauskienė, S. Baužienė, A. Mazėtinė ir A. Marčiukaitienė. Įrengta kompiuterių klasė. 1996 m. mokykla išleidžia 40 abiturientų laidą. Nuo 2004 m. mokyklai vadovauja buvęs mokyklos auklėtinis, istorijos mokytojas Artūras Čiurlionis.  Ne tik aktyvus vadovas, bet ir rajoninių, respublikinių renginių organizatorius, IKT lyderių programų dalyvis, seminarų rengėjas rajone ir apskrityje. 2006 m. mokykla išleido 50 abiturientų laidą.